La Escuela Normal No. 2 de Nezahualcóyotl está organizada por una dirección escolar apoyada por la Unidad de Planeación, Seguimiento y Evaluación (UPSE), como encargada de desarrollar la planeación, el seguimiento y la evaluación, así como el control de los proyectos institucionales, la determinación de los niveles de calidad de las competencias; también está apoyada por dos subdirecciones.
Subdirección Académica que lidera el trabajo de los siguientes departamentos:
Departamento de Formación Inicial: Se encarga del trabajo académico que incide en la formación de los futuros docentes.
Departamento de Desarrollo Docente: Promueve la capacitación y actualización de la planta académica de la institución y de la formación continua de los egresados.
Departamento de Promoción y Divulgación Cultural: Realiza la difusión de la cultura al interior de la institución y se encarga de la vinculación con otras instituciones desde el nivel básico hasta con otras instituciones del nivel superior.
Departamento de Investigación e Innovación Educativa: Produce y promueve las investigaciones que apoyan la mejora continua de los procesos áulicos.
Subdirección Administrativa que apoya el trabajo académico a través de los siguientes departamentos:
Departamento de Control Escolar: Regula los procesos de ingreso, permanencia y egreso de los estudiantes a través de la inscripción, reinscripción, acreditación, regularización, certificación y titulación de los estudiantes.
Departamento de Recursos Humanos: Cuya función es la de aplicar la normatividad en el seguimiento de los procesos de asistencia, puntualidad y permanencia del personal tanto docente como no docente.
Departamento de Recursos Materiales y Servicios Generales: Brinda apoyo a docentes y estudiantes a través del préstamo de aparatos, equipos, anexos escolares y del mantenimiento a la planta física, instalaciones, mobiliario y equipo además del servicio de limpieza en la institución.
Departamento de Recursos Financieros: Organiza controla y evalúa el ejercicio presupuestal para la adquisición de todos los requerimientos del personal docente y no docente para realizar su trabajo.
Archivo Institucional: Custodia los documentos tanto académicos como administrativos que conforman la historia académica de la institución y proporciona información de acuerdo al marco legal existente para la toma de decisiones.